Tháng 3 năm 2019, chùa Ba Vàng bị lãnh đạo thành phố Uông Bí và các sở ngành tỉnh Quảng Ninh kiểm tra sau khi loạt bài điều tra đăng trên báo Lao Động đưa thông tin về việc chùa này tổ chức truyền bá "vong báo oán" và "giải nghiệp" để thu lợi hàng trăm tỉ đồng mỗi năm; để được giải nghiệp, các cá nhân phải cúng cho chùa vài triệu đến hàng chục triệu đồng thông qua hình thức công đức.[5]

Mới đây nhất Ngày 26 tháng 1 năm 2020[6],đại diện thành phố Uông Bí cho biết chùa Ba Vàng tổ chức cúng hóa giải nạn dịch cúm virus corona chưa xin phép và hoạt động này cũng không nằm trong nội dung đăng ký Phật sự.